История существования кафедры началась с января 1956 года, когда в АГМИ/АГМУ была организована военная кафедра.
Организатором и первым преподавателем кафедры был участник ВОВ полковник И.К. Гончаренко. В 1957 году на должность начальника кафедры был назначен полковник медицинской службы И.К. Хорев. Курсы возглавляли: полковник медицинской службы Г.М. Хмара (санитарно-химической защиты и токсикологии), Ю.М. Кирьянов (ОВП), полковник медицинской службы Л.А. Слетков (ОТМС). Начальником учебной части кафедры был назначен подполковник медицинской службы В.И. Сологуб, преподавателем курса ОТМС – подполковник медицинской службы П.В. Елинов. Все участники ВОВ с большим опытом работы по медицинскому обеспечению войск в военное и мирное время.
В 1959 году студенты впервые сдавали выпускной экзамен по военной подготовке, став офицерами запаса медицинской службы. В 1960 году курс санитарно-химической защиты был переименован в курс «Оружие массового поражения», преподавателем на него был назначен подполковник медицинской службы Г.Э. Верлинский.
В 1965 году начальником кафедры назначается участник ВОВ, ветеран СибВО, полковник медицинской службы К.И, Калашников. При нем кафедра стала активно участвовать в общественной жизни института, проводила большую работу по военно-патриотическому воспитанию студентов, расширяла материальную базу: был построен стрелковый тир, оборудован полковой медицинский пункт, созданы электрофицированные стенды по токсикологии, создано военное медико-географическое описание Алтайского края.
В 1966-1968 гг. на кафедры прибыли подполковник П.Г. Табаров, полковник медицинской службы Л.В. Сидоров, майоры медицинской службы М.Е. Бабиченко, Н.В. Боровик, П.З. Ярин, старший лейтенант медицинской службы И.В. Ермашкевич, лейтенант медицинской службы, выпускник АГМУ В.И. Лукьянов, капитан медицинской службы П.Ф. Пичковский, капитан медицинской службы, выпускник АГМУ А.М. Свиридов, капитан медицинской службы Л.В, Самойлов, лейтенант медицинской службы В.Ф. Понька. Несколько позже прибыли майоры медицинской службы С.С, Кривошеев, В.Е. Лейко, Ч.С. Гимбутас, подполковник медицинской службы И.Я. Грудев и Ф.Н. Макарович.
В 1971 году на кафедре был создан курс «Медицинская служба гражданской обороны» (МСГО), который возглавила выпускница Новосибирского медицинского института К.В. Полукарова. Преподавателями курса были В.Т. Рясков, подполковник медицинской службы М.И. Щербинин, И.В. Ермашкевич. В 1990-1997 годах курс возглавлял полковник медицинской службы Ю.И. Донских, с 1997 года – И.В. Ермашкевич.
В 1973-1978 гг. военную кафедру возглавлял полковник медицинской службы, кандидат медицинских наук, доцент Л.А. Слетков. На кафедры для прохождения службы прибыли майоры Ю.И. Кравцов и В.Т. Беспалый. В 1978-1981 гг. кафедру возглавлял полковник медицинской службы М.С. Проминский, в 1981-1988 гг. – полковник медицинской службы П.Ф. Пичковский, в 1988-1991 гг. – полковник медицинской службы В.И. рейтер, способный организатор, обладавший большим объемом знаний в области военной медицины. В 80-е годы на кафедру прибыли капитан медицинской службы С.А. Баландин, подполковники медицинской службы В.Ф. Мальцев, В.А. Лушев, майор медицинской службы Ю.А. Лукин, А.Н. Ермошин, подполковник медицинской службы, участник локальной войны в Афганистане, участник ликвидации последствий аварии на Чернобыльской АЭС, выпускник АГМУ В.П. Мазилкин, подполковник медицинской службы В.В, Голованов, Г.Я. Евлашевский.
В 1994 году военная кафедра в АГМУ были ликвидирована. Начальником кафедры в этот период был полковник медицинской службы С.С. Кривошеев. Кафедра была вновь восстановлена решением Правительства РФ в 1996 году. Начальником кафедры был назначен полковник медицинской службы С.П. Чеховских. За короткий срок был организован учебный процесс: восстановлены аудитории, оборудованы стрелковый тир, медицинский пункт полка, строевой плац, заново разработана учебно-методическая документация, учебные пособия для студентов.
На кафедре проходили службы подполковник медицинской службы Н.В, Некрасов, А.И. Дорофеев, участник локальной войны в Афганистане и ликвидатор последствий аварии на Чернобыльской АЭС А.Г. Виноградов, М.П. Шукало, В.М. Хохлов, майоры медицинской службы А.Л. Самойлов, В.М. Чесноков.
В 2001 году в состав кафедры был введен курс военно-полевой терапии – заведующий курсом доктор медицинских наук, профессор С.В. Тютюнников. Начальниками учебной части в разные годы бил В.И. Сологуб, Л.А. Слетков, М.Д. Губин, П.Ф. Пичковский, И.С. Подолянко, С.А. Баландин.
В 2006 году кафедра военной медицины была ликвидирована и 15 марта 2006 года на ее базе была образована кафедра экстремальной медицины. С 2006 по 2016 годы кафедру возглавлял доктор медицинских наук, профессор С.И. Кудрявский. 14 сентября 2006 года на кафедру был переведен курс военно-полевой терапии.
25 апреля 2008 года решением ученого совета АГМУ и в соответствии с приказом Федерального агентства по здравоохранению и социальному развитию «О совершенствовании системы обучения и повышения квалификации специалистов в области мобилизационной подготовки здравоохранения Российской Федерации» кафедры была переименована в кафедру мобилизационной подготовки здравоохранения и медицины катастроф. Кафедры располагалась в учебном корпусе №3 по адресу пер. Некрасова, 65.
Сотрудниками кафедры стали заведующий кафедрой доктор медицинских наук, профессор С.И. Кудрявский, ассистенты К.В. Полукарова, И.В. Ермашкевич, завхоз И.Г. Клепча. Доцентами кафедры работали А.А. Меньшиков, А.И. Мартыненко, ассистентами Н.В. Шестопалов, Д.Ю. Аргудяев, П.Ю. Савельев, Л.Л. Вольхина, А.А. Евстигнеев, В.М. Нагайцев, О.В. Щигалева, Е.А. Блажко.
Клинической базой кафедры являлся Алтайский краевой центр медицины катастроф, где студенты 4-го курса на практике на манекенах осваивали навыки организации и оказания скорой и неотложной помощи при чрезвычайных ситуациях. В течение двух лет на кафедре был подготовлен весь учебно-методический материал и выпущено учебно-методическое пособие.
Основными направлениями деятельности кафедры являлись оптимизация организации медико-санитарного обеспечения населения Алтайского края в условиях чрезвычайных ситуаций, разработка системного проекта по организации оказания медицинской помощи лицам, пострадавшим в результате ДТП на территории Алтайского края и Республики Алтай.
Приказом ректора АГМУ №44-ПК от 02 февраля 2015 года кафедра мобилизационной подготовки здравоохранения и медицины катастроф была переименована в кафедру безопасности жизнедеятельности, медицины катастроф. Приказом ректора АГМУ №176-ПК от 15 март 2016 года, на основании решения Ученого Совета ГБОУ ВПО АГМУ Минздрава России, протокол №1 от 26 января 2016 года, кафедра безопасности жизнедеятельности, медицины катастроф была объединена с кафедрой гигиены и основ экологии человека с образованием при слиянии кафедры гигиены, основ экологии и безопасности жизнедеятельности.
Решением Ученого Совета АГМУ от 29 июня 2021 года была вновь воссоздана под названием кафедра медицины катастроф и безопасности жизнедеятельности. С 01 сентября 2021 года кафедру возглавляет д.м.н., доцент Широкоступ Сергей Васильевич.
В феврале 2022 года в профессорско-преподавательский состав кафедры вошла к.м.н. Зимина Елена Вячеславовна, руководитель Краевого центра медицины катастроф, главный внештатный специалист по медицине катастроф Министерства здравоохранения Алтайского края. В сентябре 2022 года коллектив кафедры пополнился доцентом, к.м.н. Стреминским Сергеем Юрьевичем, заместителем главного врача КГБУЗ "Станция скорой медицинской помощи, г. Барнаул", а также преподавателем Ворожбицким Виктором Владимировичем. В сентябре 2024 года в состав коллектива кафедры вошли преподаватель Турубаров Евгений Александрович, преподаватель Дзюбань Дарья Андреевна, а в ноябре 2024 года - преподаватель Сивков Артем Вадимович.