Кафедра факультетской педиатрии была организована в 1969 г. Руководство кафедрой с момента ее организации осуществлял Анатолий Васильевич Федоров (выпускник педиатрического факультета 2-го Московского государственного медицинского института). Клинической базой кафедры в 1969/1970 учебном году была 7-я детская городская больница, а с 1970 г. – детские отделения Алтайской краевой больницы.
В 1982 г. произошло слияние кафедр госпитальной и факультетской педиатрии с образованием кафедры детских болезней педиатрического факультета, которую возглавил доцент А. В. Федоров. В 1986 г. в связи с необходимостью создания кафедры для постдипломной подготовки врачей-педиатров произошло разделение кафедры детских болезней на кафедру педиатрии ФУВ, которую возглавил д. м. н., профессор А. В. Федоров, и кафедру детских болезней педиатрического факультета, заведующим которой была избрана доцент Р. А. Комиссарова.
Кафедру детских болезней педиатрического факультета, на которой преподавалась дисциплина «Госпитальная педиатрия», в 1989 г. возглавил доцент Р. Э. Такташев. С 1992 по 1999 г. кафедрой руководил доцент И. А. Семенов.
В 1999 г. была осуществлена реорганизация кафедр педиатрического факультета, в результате чего в состав кафедры детских болезней вошел курс детских инфекционных болезней, а объединенная кафедра получила название кафедры педиатрии № 1 с курсом детских инфекций, возглавил которую д. м. н., профессор А. С. Оберт. В 2002 г. он передал руководство кафедрой д. м. н., профессору Г. И. Выходцевой. В 2014 г. в результате слияния кафедры педиатрии ФУВ с кафедрой педиатрии № 1 с курсом детских инфекций образована кафедра педиатрии с курсом ДПО, на должность заведующего которой была избрана д. м. н., профессор Г. И. Выходцева.
В 2022 г. произошла реорганизация структуры Института педиатрии – кафедру педиатрии с курсом ДПО разделили, и вновь была сформирована кафедра факультетской педиатрии. Ее заведующим избран к. м. н., доцент Н. А. Дорохов. В настоящее время профессорско-преподавательский состав кафедры включает пятерых сотрудников, среди которых доктор медицинских наук (Е. В. Скударнов, профессор, детский кардиолог, заслуженный работник здравоохранения РФ), кандидаты медицинских наук (Н. А. Дорохов, доцент, детский гематолог; О. А. Зенченко, доцент, детский нефролог; О. М. Малюга, доцент, врач-педиатр, детский эндокринолог) и ассистент (В. С. Пономарев, врач-педиатр, иммунолог-аллерголог).
На кафедре осуществляется образовательная деятельность по программам специалитета по специальности 31.05.02 «Педиатрия», ведется преподавание дисциплины «Педиатрия» для студентов специальностей: «медико-профилактическое дело», «стоматология», для студентов среднего профессионального образования.
Ведется подготовка кадров высшей квалификации в ординатуре по специальностям «педиатрия», «детская кардиология», преподавание дисциплины «Педиатрия в реабилитационной медицине» для ординаторов 31.08.78 «Физическая и реабилитационная медицина». Разрабатываются новые программы ДПО.
Сотрудниками опубликовано 222 научные работы. В том числе за 2 года зарегистрировано 5 объектов интеллектуальной собственности. Активно разрабатываются и внедряются результаты научных трудов, в том числе с привлечением грантов различного уровня. Кафедра активно участвует в профориентационной деятельности. Сотрудники ведут лечебную и преподавательскую деятельность на клинических базах АГМУ: КГБУЗ «Алтайский краевой клинический центр охраны материнства и детства» и КГБУЗ «Детская городская клиническая больница № 7, г. Барнаул». Основное направление научных исследований кафедры – изучение актуальных проблем кардиологии детского возраста, нефрологии и гематологии, одним из основоположников которой являлась д. м. н., профессор А. В. Суворова. Результаты работы кафедры внедряются в практическое здравоохранение, в учебный процесс и представляются на всероссийских конференциях, в том числе с международным участием, и за пределами страны.