Медицинское обслуживание студентов ФГБОУ ВО «Алтайский государственный медицинский университет» проводится на базе КГБУЗ «Городская больница № 4» — специализированного многофункционального медицинского учреждения, обслуживающего всех студентов г. Барнаула. Студенты всех курсов проходят необходимую диспансеризацию и распределяются в физкультурные группы здоровья: основную, подготовительную, специальную медицинскую, спортивную, для занятий ЛФК. Индивидуальные карты здоровья хранятся в том числе на кафедре физической культуры и ЗОЖ.

В общежитие №1 (Крупская, 105) расположен здравпункт, в который обращаются обучающиеся за оказанием медицинской помощи. 

Медицинское обслуживание сотрудников и студентов ближнего и дальнего зарубежья проводится на базе Консультативно-диагностического центра Алтайского государственного университета (далее — КДЦ), входящего в структуру университета. В центре ведут прием: терапевт, невролог, дерматовенеролог, офтальмолог, кардиолог, гинеколог, уролог, хирург. Имеется процедурный кабинет.

Оснащение КДЦ отвечает стандартам оказания медицинской помощи. Все рабочие места оснащены персональными компьютерами, вся информация заносится в единую информационную базу.

Большинство преподавателей и сотрудников АГМУ обслуживаются в следующих поликлиниках вуза:

- Консультативно-диагностический центр АГМУ — раз в год они проходят обязательный медицинский контроль, сдают необходимые анализы, тесты и т. д.;

- Стоматологической поликлинике АГМУ;