В настоящее время в университете научные исследования проводятся по следующим направлениям:
1. Механизмы нарушения региональной гемодинамики (руководитель: профессор В.П. Куликов)
2. Реабилитация больных различного возраста с артериальной гипертензией, ИБС и их сочетаний и осложнений на стационарном, амбулаторном и санаторном этапах (руководитель: профессор Г.Г. Ефремушкин)
3. Факторы риска внезапной сердечной смерти в развитии сердечно-сосудистых заболеваний (эссенциальной и стресс-индуцированной артериальной гипертонии, ИБС, мерцательной аритмии, хронической сердечной недостаточности) и методы их коррекции (руководитель: профессор И.В. Осипова)
4. Оптимизация диагностики и лечения кардиоваскулярных заболеваний (руководитель: профессор Н.Б. Сидоренкова)
5. Хирургическая коррекция кровотока в сонных артериях и сосудах нижних конечностей (руководитель: профессор Я.Н. Шойхет)
6. Диагностика, профилактика и терапия тромбофилических состояний (руководитель: профессор Е.И. Буевич)
7. Лучевая диагностика поражений опорно-двигательного аппарата и зубочелюстной системы у больных, страдающих гемофилией и миеломной болезнью (руководитель: профессор В.В. Фёдоров)
8. Ведущие нарушения гемостаза в патологии человека (изучение патогенеза, разработка методов диагностики, профилактики и лечения) (руководитель: профессор А.П. Момот)
9. Совершенствование диагностики и лечения атрезии, рубцовых стенозов пищевода, портальной гипертензии, хр гепатитов, пороков развития мочевой системы, аппендицита остеомиелита, болезни Пертеса, сколиозе, заболеваний суставов, опухолей у детей и др. (руководитель: профессор В.А. Кожевников)
10. Клиническая характеристика детской инфекционной патологии с учетом экологических условий Алтайского края (руководитель: доцент И.В. Иванов)
11. Современные клинические и эпидемиологические особенности заболеваний детского возраста в Алтайском крае (руководитель: профессор А.В. Федоров)
12. Здоровье женщин репродуктивного и перименопаузального периода (руководитель: доцент А.И. Гальченко)
13. Повреждающие факторы формирования репродуктивного здоровья (руководитель: профессор В.А. Гурьева)
14. Диагностика и лечение женской инфертильности, профилактика репродуктивных и перинатальных потерь (руководитель: профессор Н.И. Фадеева)
15. Повышение эффективности диагностики и комплексного лечения заболеваний легких и средостения (руководитель: профессор Я.Н. Шойхет)
16. Реконструктивно-восстановительная хирургия органов пищеварения и мягких тканей (руководитель: профессор В.И. Оскретков)
17. Комплексная восстановительная ортопедо-хирургическая и функциональная реабилитация больных с повреждениями, заболеваниями опорно-двигательного аппарата и их последствия у детей и взрослых (руководитель: профессор Е.А. Распопова)
18. Оптимизация хирургического лечения больных с панкреонекрозом путём рационализации сроков оперативного вмешательства, разработки способов отграничения гнойно-воспалительного процесса (руководитель: профессор В.Г. Лубянский)
19. Современные методы диагностики, лечения и профилактики заболеваний слизистой оболочки полости рта и тканей пародонта (руководитель: профессор Г.Г. Ефремушкин)
20. Стоматологическое здоровье населения Алтайского края (руководитель: профессор Л.Н. Тупикова)
21. Оценка дефицитных состояний населения Алтайского края (руководитель: профессор Б.А. Баландович)
22. Экзогенно-органические психические расстройства, смешанные формы психических заболеваний и экологическая психиатрия (руководитель: профессор Б.Н. Пивень)
23. Изучение природных ресурсов Алтая, пути их рационального использования и совершенствование лекарственного обеспечения населения (руководитель: профессор В.М. Брюханов)
24. Восстановительное лечение в комплексной реабилитации больных с внутренними болезнями (руководитель: профессор Т.В. Кулишова)
25. Комплексная судебно-медицинская оценка повреждений тканей человека при разных видах травмы (руководитель: профессор В.Э. Янковский)
26. Оптимизация диагностики и лечения заболеваний щитовидной железы, надпочечников и паращитовидных желёз (руководитель: профессор Я.Н. Шойхет)
27. Оптимизация диагностики и лечения заболеваний гепатобилиарной зоны (руководитель: профессор Я.Н. Шойхет)
28. Консервативная и хирургическая коррекция патологии верхних дыхательных путей
(руководитель: профессор Е.В. Хрусталева)
29. Разработка новых и усовершенствование существующих методов диагностики и лечения урологических и нефрологических заболеваний у детей и взрослых (руководитель: профессор А.И. Неймарк)
30. Моделирование процесса непрерывного профессионального образования в условиях единого информационного пространства (руководитель: профессор В.И. Клинг)
31. Современные проблемы вертеброневрологии и цереброваскулярных заболеваний (руководитель: профессор Г.И. Шумахер)
32. Дифференциальная диагностика заболеваний посредством анализа цифровых медицинских изображений (руководитель: профессор В.К. Коновалов)
33. Эпидемиология, профилактика, различные методы диагностики и лечения злокачественных заболеваний, реабилитация и реконструктивно-пластическая хирургия онкологических больных (руководитель: профессор А.Ф. Лазарев)
34. Анестезия и интенсивная терапия у плановых и экстренных больных (руководитель: профессор М.И. Неймарк)